O Secretariado da Comissão Episcopal de Justiça e Paz de Moçambique, tendo como âmago a Evangelização, empenha-se principalmente em programas de formação de pessoas, sem qualquer tipo de distinção, com o fim de despertar a consciência de sua função, dos seus direitos e deveres nos campos da justiça, do desenvolvimento, da promoção humana, da paz e dos direitos humanos. Para levar a cabo a missão para a qual ela foi criada ela, em coordenação com as Comissões Diocesanas de Justiça e Paz procura em primeiro lugar fazer ligação entre as decisões da Conferência Episcopal de Moçambique sobre a Justiça e Paz com as Comissões Diocesanas de Justiça e Paz. Outras actividades desenvolvidas pela Comissão Episcopal, dizem respeito as seguintes aspectos:
Acompanhamento Organizacional e Técnico-Operacional das Comissões Diocesanas de Justiça e Paz;
- Mobilização de Recursos, Advocacia e Lobby com as Instituições Governamentais e Doadores;
- Assegurar que as Comissões Diocesanas de Justiça e Paz tenham projectos Concretos em acção;
- Planificação anual e Elaboração dos Relatórios Semestrais e Anuais de Justiça e Paz;
- Elaboração de Material de Estudo de acordo com as prioridades Estratégicas de cada Comissão Diocesana;
- Documentação de Boas Práticas e Lições Aprendidas de Justiça e Paz em Moçambique;
- Representar a Comissão de Justiça e Paz junto às outras entidades quer, governamentais, religiosas e/ou outras organizações da sociedades civil que concorrem para a prossecução do bem comum.
Não tendo como vocação a implementação das actividades em respeito ao princípios de subsidiaridade que procura fortalecer a liberdade dos indivíduos, dos grupos e impedir o excesso de centralização a Comissão Episcopal de Justiça e Paz com com as Dioceses para implementar as actividades programadas. Por isso, as Comissões Diocesanas tem como função:
- Implementar as Actividades ao Nível Local;
- Coordenar com Parceiros Locais;
- Reportar as actividades desenvolvidas sistematicamente a Secretária da Comissão do Executivo da CEJP.
- Formação de Lideranças e de Agentes locais de Justiça e Paz; e
- Denunciar casos de violação de Direitos Humanos junto às instituições de competência em particular ao Secretariado do Executivo da CEJP.